Biuro Ochrony Informacji Niejawnych realizuje zadania nałożone ustawami: o ochronie informacji niejawnych (Dz. U. z 2005r. Nr 196, poz. 1631 z późn. zm.) oraz o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach (Dz. U. z 2006r Nr 97, poz. 673 z późn. zm.).

Sprawy wpływające do Biura są przyjmowane i rozpatrywane zgodnie z obowiązującymi w tym zakresie zasadami oraz przepisami Kodeksu postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2000r. Nr 98, poz 1071 z późn. zm.).